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转录组学研究

 

 

概述

 

    转录组是指某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下所有转录产物的集合。高通量转录组测序是指利用高通量测序技术对cDNA进行测序从而得到一个样品中所有RNA的信息,在基因组序列拼接注释、样品间基因转录差异表达及其功能研究等方面研究中有重要作用。转录组测序已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。已完成包括人、昆虫、寄生虫、植物、鱼类和微生物等多个不同物种的转录组测序和分析工作。

 


研究内容

 

 根据实验目的,构建各种cDNA文库,利用Pacbio系统进行全长cDNA测序,超长reads读长,一次性得到全长转录本,不同与短reads拼接,获得最准确编码序列,有利于后期功能分析

 转录组测序:有参考基因组转录组测序(transcriptome resequencing)/无参考基因组转录组测序(de novo transcriptome Sequencing)。

 序列拼接/基因预测/功能注释/基因表达量分析/代谢途径/GO分析等基本生物信息学分析

 个性化生物信息学分析

 


技术特点

 

 MiSeq测序可获得双向600bp reads读长,高达50×以上的覆盖率,是无参考基因组物种转录组测序的最佳选择

 Pacbio具有超长读长优势,结合独特全长转录本建库技术,可获得更多低丰度表达的全长转录本信息;借助Illimina HiSeq平台的高覆盖度数据,可对样本转录本表达情况进行评估

 Illimina HiSeq单次测序的数据量大,高覆盖率,检测到更低丰度的转录本,在已知基因组序列物种的转录组分析中更具有优势

 454测序的序列平均读长400-500bp,较长的读长便于拼接,从而获得更好的数据。在未知基因组序列物种的转录组分析中更占有优势

 根据客户要求进行不同深度测序,可检测到低丰度表达的基因

 


技术路线

 

 

 


生物信息分析

 

 


成功案例

 

 已完成包括人,昆虫,寄生虫,植物,鱼类和微生物等近百种不同物种的转录组测序和分析工作

 

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