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微生物基因组学研究

 

 

概述

 

    微生物基因组测序可为两种类型:微生物基因组从头测序和微生物基因组重测序。微生物基因组从头测序是指不需要任何现有的序列资料就可以对某个微生物物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,从而获得该微生物物种的基因组图谱。微生物基因组重测序是对基因组序列已知的微生物物种进行基因组测序,并在个体或群体水平进行差异性分析的方法;该方法还能够检测全基因组的罕见变异。

 


研究内容

 

 对全新的微生物物种进行测序,获得精细图/完成图

 对基因组已知的微生物物种进行基因组重测序,获得精细图/完成图

 通过全基因组测序获得基因簇的完整序列

 基因预测、功能注释和比较基因组学(SNP、InDel、Pan-genome)分析

 多种基因预测软件(glimmer 3.02,Genemark 和 Z-Curve program)和转录组信息结合,确保基因预测的准确性

 多种基因功能数据库(KEGG,NR和UNIPORT)相结合,确保基因功能和代谢途径重建的完整性

 


技术特点

 

 创新解决方案 1+1>2:PacBio RS II平台+ NGS平台,充分发挥第三代测序技术长读长和第二代测序结果的高覆盖度的优势,混合应用PacBio和NGS测序平台,高效获得细菌基因组完成图序列

 针对高GC的细菌(如链霉菌、结核分枝杆菌等),可轻松获得高覆盖度和高质量的基因组序列

 更完善准确的拼装结果,减少或不用进行Gap Closing工作,高效快速获得基因组的完成图

 全基因组完成图的序列精确度>99.99%

 高质量的生物信息学分析,满足基本和深度生物学分析

 


技术路线

 

 

 


生物信息分析

 

 


成功案例

 

 成功应用PacBio RS II超长片段测序拼装获得细菌基因组全序列,借助Solexa短片段高覆盖率测序对整个基因组进行准确性评估和校正,得到精确度高达99.999%的基因组完成图

 应用454 GS FLX系统,已完成162种细菌/古细菌(0.8-10Mb)的全基因组测序

 应用Solexa系统,已完成338种细菌(包括30余株结核分枝杆菌)的精细图测序工作

 已完成子囊菌和担子菌等不同亚门的90多个真菌(25-70Mb)的全基因组测序

 

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